Els objectius del CIMAR que arrepleguen la filosofia de la creació del centre, poden concretar-se en:
Establir en l'enclavament litoral, la infraestructura necessària per a desenvolupar la investigació en les diferents àrees de les Ciències Marines, tant bàsiques com a aplicades.
Creació d'un Centre d'Investigació Marina com a referent per als equips de treball de la Comunitat Valenciana, nacionals i estrangers.
Suport logístic en la realització de projectes d'investigació, docència i divulgació d'acord a les seues finalitats.
Impartició de cursos i seminaris de caràcter local, autonòmic, nacional i internacional, referents a l'ambient marí i litoral.
Realització de classes pràctiques i itineraris de la naturalesa i en el mitjà marí i costaner, els destinataris del qual seran els alumnes dels diferents cicles.
Divulgació del patrimoni natural, marí i pesquer, dirigida a tots els ciutadans, en col·laboració amb entitats públiques i privades en el Municipi de Santa Pola (Museu del Mar i de la Pesca, el Museu de la Sal, l'Aquari Municipal, la Llotja de Peix, el Port, etc.).
Col·laboració amb les activitats científiques i culturals promogudes per ens públics i privats (Confraria de Pescadors, empreses d'aqüicultura, pesqueres, etc.) de Santa Pola.
Per tant, les finalitats del CIMAR es concreten en activitats investigadores, docents/formatives i de caràcter sociocultural:
a) Activitats investigadores: Dirigides a estudiar l'ambient marí i litoral, tant des del punt de vista bàsic com a aplicat.
b) Activitats docents/formatives: Dirigides a l'ensenyament i formació de l'ambient marí i litoral, tant bàsica com a aplicada, en els nivells universitaris i de professorat.
c) Activitats soci-culturals: Dirigides a la difusió, conservació i protecció, i transferències de coneixements de l'ambient marí i litoral al públic en general, i en particular, dels diferents nivells d'ensenyament (primària i secundària).